合併分割後消滅公司需辦理決算，虧損得由新設或存續公司申請扣除

財政部指出，辦理分割的企業，如分割後即已解散，須辦理決算申報；但若僅是將部分獨立部門分割給其他公司，因為本身並未消滅，可以免辦決算申報。而且，需要辦理決算的消滅公司如產生虧損，將可由分割或合併後的存續公司申請扣除。

財政部表示，公司進行合併或分割，合併或分割後的存續或既存公司，因為法人主體仍繼續存在，無須先行辦理合併或分割年度截至合併或分割之日止的當期決算申報；而合併或分割後的消滅公司，依所得稅法第七十五條第一項規定，應先行辦理合併或分割年度截至合併或分割之日止的當期決算申報。企業只要是依企業併購法、金融機構合併法與促進產業升級條例等規定辦理合併或分割手續，各參與合併或分割的公司，合併或分割前尚有未扣除的前五年各期虧損，以及因合併、分割消滅的公司辦理決算產生的虧損，均可由合併或分割後的新設或存續公司、既存公司依規定扣除。

虧損扣除的方式分別為:

一、合併後消滅公司依規定辦理當期決算，經稅捐機關核定的決算虧損，得按公司股東持有合併後新設或存續公司股權的比例計算出的金額，在虧損發生的次一年度起五年內，自合併後存續或新設公司的當年度純益額中扣除。

二、分割後消滅公司依規定辦理當期決算，經稅捐機關核定的決算虧損，可按股權分割比例計算的金額，再按公司股東持有分割後新設或既存公司股權的比例計算出的金額，在虧損發生的次一年度起五年內，自分割後新設或既存公司的當年度純益額中扣除。